日本人唠唠叨叨的毛病,使得驻珍珠港的罗奇福特战斗情报分队利用无线电测向仪跟踪敌潜艇成为可能。美军的预警报告有利于盟军货船及时驶离敌潜艇的航线。1月底,美军情报分队正在跟踪日军&ldo;i-173&rdo;号艇,该艇自我暴露帮助了跟踪者侦察到它的位置。战斗情报分队记录了&ldo;i-173&rdo;号艇的航线几乎与正在返航的&ldo;鲍(鱼勾)鱼&rdo;号潜艇在一条相遇的航线上,即向这艘美国潜艇传递了情报,&ldo;鲍(鱼勾)鱼&rdo;号下潜等待。不久,在预计的时间里,&ldo;i-173&rdo;号呈水面航行状态驶来,舱盖开着,人员在甲板上吸烟和晒阳光浴。&ldo;鲍(鱼勾)鱼&rdo;号发射了3枚鱼雷击中了它,&ldo;i-173&rdo;号迅速下沉。这是美国潜艇击沉的第一艘战斗舰船。
1941年12月10日,当日本轰炸机攻击马尼拉湾的甲米地海军基地的时候,亚洲舰队的多数潜艇都采用下潜来拯救自己。但是&ldo;海狮&rdo;号停泊在码头,被两枚炸弹直接击中而退出战斗。当时在菲律宾的大多数水面舰船已撤退到爪哇,但是,潜艇和老式的补给舰&ldo;卡诺帕斯&rdo;号仍留在甲米地,接受海军上校约翰&iddot;威尔克斯的指挥。
威尔克斯在环绕吕宋岛防御警戒线部署了留下的28艘潜艇,这对抵抗日本人向菲律宾的入侵毫无作用。这些潜艇对敌战舰、运输船和运送敌人登陆兵的货船进行了31次攻击,发射了66枚鱼雷,但是仅击沉了3艘货船。
1941年圣诞节,当麦克阿瑟决定放弃马尼拉时,被留下来的潜艇失去了基地而且很快就断了燃料。到12月底,它们全部撤退到爪哇岛的主要港口苏腊巴亚(泗水)。同时撤退的有威尔克斯、亚洲舰队总司令托马斯&iddot;c&iddot;哈特上将和他们的参谋人员。
此后,当美军潜艇继续进行巡逻时,它们开始担负向巴丹和科雷希多岛提供补给的任务,为那里的守军运去食品、医药品和弹药,并带出潜艇零部件、鱼雷、贵重物品及重要人员。&ldo;鳟鱼&rdo;号申请带回25吨物资,其中有2吨金条,18吨袋装银币和5吨美国邮件及其债券票据。在&ldo;鳟鱼&rdo;号返回基地途中,用鱼雷攻击了敌军一艘货船和一艘猎潜艇。在撤退的人员当中还有菲律宾总统曼纽尔&iddot;奎松、副总统瑟吉奥&iddot;奥斯蒙纳和陆军、海军的飞行员,以及不可轻视的密码破译人员。这些秘密情报分析人员如果落在后面而被俘,可能会被迫泄露他们的重要机密。最后一艘停靠科雷希多港的潜艇是&ldo;旗鱼&rdo;号,该艇在5月3日晚带走了12名军官,12名军队护士、1名军人妻子和装满17大箱的财务报表及其它档案。大约48小时之后,麦克阿瑟在菲律宾的代表乔纳森&iddot;温赖特少将被迫缴械投降。
委派给亚洲舰队潜艇的第二个军事任务,是防护从苏门答腊经过爪哇一直延伸到帝汶岛的岛屿连线上的&ldo;马来屏障&rdo;。这项任务的执行没能比他们在防护吕宋岛时取得更大的成功。1942年1月至3月底之间,他们击沉了8艘舰船,其中包括一艘驱逐舰。但是没能减慢日本人的进攻。在这一时期里美军损失了3艘潜艇。
随着盟军的联合攻击舰队在爪哇海战斗中的失利,苏腊巴亚港已经岌岌可危。威尔克斯上校将他的总部迁移至澳大利亚的弗里曼特尔为基地。5月份,他按期轮换回国,被授予功勋奖章。他的接班人是海军少将查尔斯&iddot;a&iddot;洛克伍德。洛克伍德将亚洲舰队潜艇编入西南太平洋舰队潜艇部队,并以澳大利亚的布里斯班为附属基地。
6月初,正在筹划中途岛战役的尼米兹上将派遣了19艘潜艇控制中途岛的所有航道,以支援保卫中途岛的航母编队。这些潜艇几乎没能完成上述任务。&ldo;舡鱼&rdo;号用鱼雷攻击了&ldo;加贺&rdo;号航母,但鱼雷没有爆炸却穿过该舰击沉了&ldo;苍龙&rdo;号[扫校者注:&ldo;加贺&rdo;号、&ldo;苍龙&rdo;号已在早先的战斗中被美舰载机重创,丧失战斗力。]。那天夜里,重型巡洋舰&ldo;最上&rdo;号和&ldo;三隈&rdo;号在机动规避美国潜艇&ldo;红石鱼&rdo;号时发生碰撞,&ldo;三隈&rdo;号受损后速度减慢,后来成为美国航母舰载机的牺牲品。
美国潜艇在太平洋战争初期所取得的战果远比所预期的要少,其主要原因不仅仅是因为鱼雷不够可靠,而且还因为战术理论的缺陷。美军和平时期的战术理论认为,先敌进攻仅限于水面舰艇,而夸大了潜艇易受攻击的弱点,过份强调小心谨慎。因而更加使得战争初期一些潜艇艇长过于小心翼翼。这些人不久被替换下来,代之以一些生性机敏、果敢而又乐于冒风险的那些从事潜艇战所必需具备的素质的人。战争初期利用声纳制导攻击的尝试徒劳无功,使用潜望镜在白天通过短促的观察后下潜攻击的效果也一样。更新的攻击战术发展以后,利用可靠的鱼雷射击自动计算机和雷达快速获取情报系统这些美军已经拥有的技术,取得了有效的战果。
1942年8月中旬,两个连的美海军陆战队员袭击了位于吉尔伯特群岛的马金岛,希望由此转移开日军对在瓜达尔卡纳尔岛上挣扎的同胞们的补给。美国两艘最大和最慢的潜艇&ldo;鹦鹉螺&rdo;号和&ldo;舡鱼&rdo;号担负运送和撤出陆战队员的任务。这一作战行动提高了美国的士气,但是从战略角度看,这次行动是一个失败。日军没有从瓜岛转移开,反而开始在吉尔伯特群岛,尤其是塔拉瓦岛建起坚固的防御工事,在一年多后,使美军付出了许多生命。